Lev Aleš, zebra Martin, žirafa Milko in povodni konj Slavka se še vedno trudijo priti domov v New York. Pot jih zanese po Evropi, kjer najdejo idealno krinko v potujočem cirkusu.
Najelitnejši tim na svetu sestavljajo: Kapitan, Kovalski, Riko in Pešak. Gre za dobro poznano četverico pingvinov iz animiranih filmov Madagaskar. Tokrat se bodo podali v misijo svojega življenja.
Druščina se znajde v najbolj divjem kraju od vseh: v Afriki. Tam se naše živali, odrasle in vzgojene v živalskem vrtu, prvič srečajo z drugimi svoje vrste. Hitro se izkažejo razlike med betonsko džunglo in osrčjem Afrike.
Vse kaže, da je Božiček letos zgrešil smer, saj se s svojimi sanmi vred nepričakovano znajde sredi Madagaskarja. Poleg tega zaradi udarca v glavo izgubi spomin in se sploh ne zaveda, kdo je. Alex, Marty, Melman, Gloria in vedno iznajdljivi pingvini so tisti, ki morajo zdaj otrokom po vsem...
